اصول و کاربرد نشانگرهای مولکولی تفاوت چندان با سایر نشانگرهای ژنتیک مانند نشانگرهای مورفولوژیک ندارد.تحولی که در زمینۀ علوم زیستی به طور عام و در پزشکی و کشاورزی به طور خاص به نشانگرهای مولکولی نسبت داده می شود به دلایل زیر است:
1 فراوانی فوق العادۀ این دسته از نشانگرها؛
2 عدم تأثیر پذیری آنها از شرایط محیطی خارجی و داخلی موجود؛
3 امکان به کارگیری آنها در مراحل نخستین رشد جنینی حیوانات و مراحل نخستین رشد گیاهان؛
4 فراهم نمودن امکان مطالعۀ گیاهان در خارج از فصل و محل کشت؛
5 دقت و قابلیت مطلوب تفسیر نتایج؛
6 همبارز بودن بسیاری از این نشانگرها؛
7 امکان استفاده از آنها در مورد گونه های منقرض شده؛
8 سهولت تشخیص افراد ناخالص از خالص؛
9 سهولت امتیازدهی و تجزیه و تحلیل نتایج؛
10 دسترسی به برنامه های رایانه ای قوی برای تجزیه و تحلیل و تفسیر سریع نتایج.
