در دهۀ 1950، نشانگرهای مولکولی قابل مشاهده توسط الکتروفورز پروتئین ها تحول شگرفی را ایجاد نمودند. آیزوزایم ها به طور گسترده در بررسی تنوع ژنتیکی و طبقه بندی گیاهان زراعی به کار گرفته شدند.تا اواخر دهۀ 1970 نقشه های ژنتیکی تلفیقی (آیزوزایم هاو نشانگرهای مورفولوژیکی) بسیاری از گونه های مهم تهیه شد.
مــعــمــول ترین نوع نشانــگــرهای پروتئینی آیزوزایم ها هستند که فرم های مختلف یک آنزیم را نشان می دهند.نشانگرهای پروتئینی تغییرات را در سطح ردیف و عمل ژن به صورت نشانگرهای همبارز نشان می دهند. از معایب این نشانگرها محدود بودن آنهاست.همچنین این نوع نشانگرها تحت تأثیر تغییرات پس از ترجمه هستند و تظاهر کمی برخی از آنزیم ها و پروتئین ها تحت تأثیر مرحلۀ رشد گیاه قرار می گیرد.
از آنجا که فراوانی این نوع نشانگرها محدود است، از این رو نقشه ها تهیه شده از این نشانگرها طوری بود که فقط چند نشانگر در یک کروموزوم قرار می گرفتند. بنابراین نشانگرهای پروتئینی نیز معایب ویژۀ خود را دارند.با توجه به اینکه روش های رنگ آمیزی پروتئین ها در مورد آیزوزایم های چندان زیاد نیست، تعداد آیزوزایم هــای قابــل ثــبـت و مشاهده که می توان از آنها به عنوان نشانگر استفاده کرد، به یکصد عدد نمی رسد.این محدودیت در تعداد نشانگرهای آیزوزایم از عمده ترین معایب آنهاست و موجب کاهش کارایی آنها می شود.از نکات منفی دیگر این نشانگرها، محدودیت تنوع ژنتیک قابل ثبت در آیزوزایم هاست.به عبارت دیگر آیزوزایم ها نه تنها کم هستند، بلکه چند شکلی و تفاوت قابل ثبت نیز در آنها چندان زیاد نیست. پیچیدگی فنوتیپ های الکتروفورزی آیزوزایم ها نیز که گاهی مشاهده شده است از دیگر معایب این قبیل نشانگرهاست.این پیچیدگی که به دلیل دخیل بودن آنزیم های مرکب از چند پلی پپتید مستقل در ترکیب برخی از آیزوزایم هاست، امتیازبندی را دشوار می کند.
پیشرفت هایی که در زمینۀ الکتروفورز دو بعدی با قدرت تفکیک زیاد پدید آمده و تجزیه و تحلیل همزمان هزاران پروتئین را میسر ساخته، موجب شده که نشانگرهای پروتئینی جایگاه از دست رفتۀ خود را دوباره باز یابند و به عنوان فناوری پیشتاز در عرصۀ نشانگرهای مولکولی مطرح شوند.تأثیرپذیری نشانگرها از محیط که به طور معمول به عنوان یکی از محدودیت ها ونکات منفی نشانگرهای مولکولی یاد می شود، درمورد این نشانگرها تبدیل به برتری شده و جایگاه متمایزی را در بین سایر نشانگرها به ارمغان آورده است.
تنکسلی توانست بر اساس آیزوزایم ھا در گوجه فرنگی اولین نقشه لینکاژی را طراحی نماید.روشهای بیوشیمیایی مثل تجزیه های آیزوزایم برای تمایز بین افراد هتروزیگوت و هموزیگوت و برای تعیین میزان تنوع در جوامع گیاهی به کار گرفته شده است.با این وجود تجزیه های آیزوزایم به دلیل کم بودن مکان های ژنی نشانگر موجود ،فقدان چند شکلی برای این مکان در مواد گیاهی برگزیده و نیز به دلیل تغییر در الگوهای بانددهی در اثر نمو گیاهی دارای محدودیت میباشد
