همانگونه که گفتیم ایزوزیمها و(آلوزیم ها)متغییرهای آنزیم مشابهی هستند مگر اینکه از لحاظ خصوصیت بیوشیمی اشان که باعث میشود توسط یک آزمایش بیوشیمیایی ازهم متمایز شوند. البته چنین تفاوت هایی معمولا دقیق هستند (به ویژه بین آلوزیم هایی که اغلب متغییرهای خنثی هستند).البته این دقت قابل انتظار است زیرا که این دو آنزیم که به صورت قابل توجهی از لحاظ عملکردشان متفاوت هستند به صورت غیر محتمل به عنوان"ایزوزیمها" تعریف میشوند.
هر چند ایزوزیم ها در عمل تقریبا یکسان اند اما در مراحل دیگر ممکن است با هم فرق داشته باشند.به ویژه در جانشینی آمینواسید که بار الکتریکی یک آنزیم را تغییر میدهد(مثل تعویض آسپارتیک اسید با گلوتامیک اسید)برای تعیین به وسیله ی ژل الکتروفورز بسیار ساده عمل میکند و این اشکال ،پایه ای برای استفاده از ایزوزیم ها به عنوان نشانگرهای مولکولی هستند.
برای برسی و مشاهده ایزوزیم ها: استخراج یک پروتئین خام بافت گیاهی یا جانوری با یک بافر استخراج کننده، سپس عناصر استخراج یافته مطابق بار الکتریکی شان به وسیله الکتروفورز روی ژل جدا میشوند. از لحاظ تاریخی، ژل مورد استفاده در الکتروفورز از نشاسته سیب زمینی ایجاد میشود،اما ژل اکریل آمید نتیجه بهتری را ارائه میدهد.
بعد از بردن نمونه روی الکتروفورز ،چون ایزوزیمها در یک PH تنظیم شده میتوانند بارهای الکتریکی متفاوتی داشته باشند پس برروی بستر به سمت قطب منفی یا مثبت حرکت می نمایند. سپس برای ارزیابی آنها میتوان یک ماده بیرنگ را به عنوان سوبسترا در اختیار آنزیم قرار داد.در اثر عمل کاتالیکی آنزیم در همان محل ترکیب رنگی یا رسوب غیر محلول تشکیل میشود که نشان دهنده وجود ایزوآنزیم میباشد .
